Die Mühlen mitten in Bamberg haben eine lange Tradition, sie werden bereits im 10. Jahrhundert urkundlich erwähnt. Im 13. Jahrhundert gehören die Mühlen, die überwiegend auf künstlich angelegten Inseln im linken Regnitzarm liegen, dem Domstift und genießen viele Privilegien: im weiteren Umkreis dürfen keine Mühlen gebaut werden, Bamberger Bäcker müssen ihr Mehl dort beziehen. Die Mühlen sind wirtschaftlich bedeutend, sie stellen neben Mehl auch Pflanzenfett her, weil Katholiken in der Fastenzeit kein tierisches Fett verwenden; es werden Stoffe gewalkt und Steine geschliffen. Um den Wasserdruck zu erhöhen, legen die Bamberger Mitte des 15. Jahrhunderts sogar den linken Regnitzarm höher. So entsteht ein größeres Gefälle, damit sich alle Mühlräder drehen.
Die Gebäude rund um die Mühlen werden mehrmals zerstört: 1784 bei einem verheerenden Hochwasser und 1839 bei einem schweren Brand. Die heutige Bausubstanz stammt größtenteils aus der Zeit nach diesem Brand. Im Zweiten Weltkrieg bleiben die Mühlen unzerstört, doch danach gibt es bald keine Verwendung mehr für sie. Die Gebäude dienen als Lager und verfallen zusehends. Dabei braucht die Stadt Wohnraum in zentraler Lage, unter anderem für Studierende.
Die St. Joseph-Stiftung kauft 1979 Grundstücke auf der Oberen Mühlbrücke und auf der Nonnenbrücke. Sie will nun auch einen Beitrag zur Wiederbelebung der Altstadt leisten. Sie will keine „sanierten Altbauten mit musealem Charakter schaffen“, sondern der Altstadt eine „lebendige Zukunft“ sichern. Als die Baumaßnahmen beginnen, zeigt sich allerdings schnell, wie sanierungsbedürftig die Gebäude sind: Stützbalken, die in der Regnitz lagen, müssen komplett erneuert werden. Die unvorhergesehenen Kosten halten die Stiftung aber nicht von ihren Plänen ab. Mit Kosten von mehr als 30 Mio. DM ist die Sanierung der oberen Mühlen die bis dahin „größte und schwierigste Baumaßnahme“ der St. Joseph-Stiftung.
