Die St. Joseph-Stiftung erlebt seit dem Beginn der 1990er Jahre eine Phase tiefgreifender Modernisierungen. Die strategische Neuausrichtung des Unternehmens zeigt sich am Projekt „Regio 2005“, dem Verkauf eines Teils des Hausbestands, und am Ausbau der Tochterunternehmen. Eine neue, moderne Unternehmenskultur mit flacheren Hierarchien und mehr Verantwortung für die Mitarbeitenden soll diesen Prozess widerspiegeln. Der Wandel ist eng verbunden mit dem neuen Vorstand unter Dr. Wolfgang Pfeuffer und Reinhard Zingler; der für Neuerungen aufgeschlossene Erzbischof Dr. Karl Braun (Bischof 1995-2001) unterstützt den Wandel als Protektor der Stiftung ebenfalls.
1996 beginnt die Stiftung, ein neues Leitbild als Basis einer zeitgemäßen Corporate Identity zu entwickeln: Betont werden Kompetenz, Wettbewerbsfähigkeit und Innovationskraft als die herausragenden Eigenschaften des Wohnungsunternehmens. Die Stiftung sieht ihre Aufgabe weiter in der Schaffung und Verwaltung von Wohnraum, will ihre Arbeit aber ausweiten: „von der Vermarktung des Gutes ‚Wohnung’ zu komplexen Dienstleistungen um den Lebensbereich ‚Wohnen’.“ Dazu gehört die Vernetzung sozialer Dienste und Hilfen der Kirche, bei der die Stiftung gemeinsam mit den Caritasverbänden und anderen kirchlichen Trägern den wohnungswirtschaftlichen Bereich übernimmt.
Das moderne Wohnungsunternehmen erhält auch ein zeitgemäßes Erscheinungsbild. Ende 1997 tritt die Stiftung mit einem neuen Corporate Design inklusive neuem Firmenlogo auf. Die Stiftung ist und bleibt kirchlich-sozialen Werten verpflichtet, doch das „Sankt“ im Stiftungsnamen wirkt mittlerweile überholt. Konsequent nennt sich die „St. Joseph-Stiftung“ nun in „Joseph-Stiftung“ um.
